Σε 279 ανέρχονται τα νέα κρούσματα κορονοϊού στην Ελλάδα στη χώρα μας τα οποία αποδίδονται στη μετάλλαξη Όμικρον, σύμφωνα με τα αποτελέσματα των ελέγχων του Eθνικού Δικτύου Γονιδιωματικής Επιτήρησης του ιού SARS-CoV-2 για το διάστημα 15/11/2021 – 27/12/2021.
Από τα 366 επιβεβαιωμένα περιστατικά με την Όμικρον, τα 222 καταγράφηκαν στην Αττική, κατά τη σχετική ανακοίνωση.
Επισημαίνεται πως οι παραπάνω έλεγχοι δεν αφορούν στο σύνολο των κρουσμάτων που επιβεβαιώνονται στη χώρα μας. Η εκτίμηση του ΕΟΔΥ είναι, άλλωστε, πως το συγκεκριμένο, ιδιαίτερα μεταδοτικό στέλεχος του ιού αφορά ήδη στην πλειοψηφία των νέων μολύνσεων στην επικράτεια.
Αξίζει να αναφερθεί πως στην αποψινή επιδημιολογική έκθεση των υγειονομικών αρχών γίνεται μνεία στο ότι «η παραλλαγή Omicron (B.1.1.529/BA.1) χαρακτηρίζεται από την παρουσία μιας διαγραφής νουκλεοτιδίων, της διαγραφής 69-70 (del69-70) στο γονίδιο S (Spike) του ιού», η οποία «έχει ως αποτέλεσμα την αδυναμία ενίσχυσης ενός εκ των τριών γονιδιακών στόχων, του γονιδίου S, σε συγκεκριμένη εμπορικά διαθέσιμη διαγνωστική δοκιμασία μοριακού ελέγχου (RT-PCR), που εφαρμόζεται σε ορισμένα εργαστήρια στη χώρα μας και ευρύτερα παγκοσμίως».
«Επιπλέον», τονίζεται πως «προκαταρκτικός έλεγχος για πιθανά κρούσματα του στελέχους Όμικρον, πραγματοποιείται και με εναλλακτικά πρωτόκολλα μοριακού ελέγχου (RT-PCR), που στοχεύουν στην ύπαρξη συγκεκριμένων μεταλλάξεων σε διαφορετικές περιοχές του γονιδίου S, οι οποίες είναι ειδικές για το στέλεχος Όμικρον.
Θετικά δείγματα που έχουν ελεγχθεί με τα συγκεκριμένα πρωτόκολλα μοριακής διάγνωσης και χαρακτηρίζονται από αδυναμία ενίσχυσης του γονιδίου S, εγείρουν ισχυρή υποψία ότι πρόκειται για πιθανά κρούσματα του στελέχους Όμικρον (B.1.1.529/BA.1) στην παρούσα φάση της πανδημίας».
Ολόκληρη η ανακοίνωση για τις μεταλλάξεις του κορονοϊού στην Ελλάδα:
«Ολοκληρώθηκε από το Eθνικό Δίκτυο Γονιδιωματικής Επιτήρησης του ιού SARS-CoV-2, που λειτουργεί υπό το συντονισμό του ΕΟΔΥ, η γονιδιωματική ανάλυση σε 1.308 δείγματα που έχουν επιλεγεί τυχαιοποιημένα ή στοχευμένα και αφορούν στην περίοδο 15 Νοεμβρίου 2021 έως 27 Δεκεμβρίου 2021.
Από τον έλεγχο των 1.308 δειγμάτων, αναδείχθηκαν συνολικά 1.255 δείγματα με στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος
(Variants Of Concern – VOC).
Εκ των 1.255 δειγμάτων με στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος, τα 976 αφορούν στο στέλεχος Delta, και 279 αφορούν στο Omicron (Πίνακας 3).
Επτά εκ των 976 στελεχών Delta αφορούν στο στέλεχος Α.Υ.4.2, τα οποία εντοπίστηκαν σε επτά εγχώρια κρούσματα στις Περιφερειακές Ενότητες του Βορείου Τομέα Αθηνών (1), του Δυτικού Τομέα Αθηνών (1), του Κεντρικού Τομέα Αθηνών (4) και του Λασιθίου (1).
Από την έναρξη λειτουργίας του Εθνικού Δικτύου Γονιδιωματικής Επιτήρησης του ιού SARS-CoV-2 μέχρι σήμερα έχουν ελεγχθεί στην επικράτεια συνολικά 42.912 δείγματα από εγχώρια κρούσματα. Εξ αυτών 38.569 προέρχονται από τυχαία επιλογή δειγμάτων, 3.602 προέρχονται από στοχευμένη λήψη ή επιλογή δειγμάτων και για 741 δείγματα δεν είναι διαθέσιμος ο τρόπος επιλογής.
Μεταξύ των 38.569 τυχαία επιλεγμένων δειγμάτων στην επικράτεια, τα πέντε πιο συχνά στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος ή υπό παρακολούθηση που έχουν απομονωθεί είναι το Delta με ποσοστό 46,48%, ακολουθούμενο από το Alpha με ποσοστό 40,35%, το B.1.1.318 (Variant E484K) με ποσοστό 6,07%, το Βeta με ποσοστό 0,86% και το Omicron με ποσοστό 0,64%.
Στον Πίνακα 4 παρουσιάζονται τα αντίστοιχα ποσοστά για τα στελέχη Alpha, B.1.1.318 (Variant E484K), Delta και Οmicron ανά Περιφέρεια.
Η διαχρονική εξέλιξη της σχετικής συχνότητας των αλληλουχηθέντων δειγμάτων από τυχαία δειγματοληψία ανά είδος στελεχών, μέχρι και την εβδομάδα 50 απεικονίζεται στο Διάγραμμα 9, ενώ δίνονται επιπλέον προσωρινά στοιχεία για τις εβδομάδες 51-52.
Από τα 3.602 δείγματα που έχουν ληφθεί ή επιλεγεί στοχευμένα, έχουν βρεθεί 3.439 στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος ή υπό παρακολούθηση ή ενδιαφέροντος. Από τα δείγματα που έχουν ληφθεί ή επιλεγεί στοχευμένα, 36,73% αφορούν στο Delta, 36,37% στο B.1.1.318 (Variant E484K), 14,96% στο Alpha, 5,61% στο Beta, 1,42% στο Omicron, 0,11% στο C.36, 0,08% στο Eta, 0,08% στο Gamma, 0,08% στο A.28 και 0,03% στο Mu.
Επιπλέον, έχουν απομονωθεί συνολικά 532 στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος ή υπό παρακολούθηση ή ενδιαφέροντος από δείγματα εισαγόμενων κρουσμάτων, εκ των οποίων 324 αφορούν στο Delta, 113 στο Alpha, 74 στο Omicron, 7 στο Mu, 6 στο Beta, 4 στο B.1.1.318 (Variant E484K), 1 στο Eta, 1 στο C.36, 1 στο Kappa, και 1 στο B.1.1 (Variant E484K).
Όσον αφορά στα στελέχη ενδιαφέροντος που χρήζουν άμεσης λήψης μέτρων ελέγχου επί του παρόντος στη χώρα, η γεωγραφική κατανομή ανά Περιφερειακή Ενότητα παρουσιάζεται στον πίνακα 5.
Όμικρον και PCR test
Η παραλλαγή Omicron (B.1.1.529/BA.1) χαρακτηρίζεται από την παρουσία μιας διαγραφής νουκλεοτιδίων, της διαγραφής 69-70 (del69-70) στο γονίδιο S (Spike) του ιού.
Η διαγραφή αυτή έχει ως αποτέλεσμα την αδυναμία ενίσχυσης ενός εκ των τριών γονιδιακών στόχων, του γονιδίου S, σε συγκεκριμένη εμπορικά διαθέσιμη διαγνωστική δοκιμασία μοριακού ελέγχου (RT-PCR), που εφαρμόζεται σε ορισμένα εργαστήρια στη χώρα μας και ευρύτερα παγκοσμίως.
Επιπλέον, προκαταρκτικός έλεγχος για πιθανά κρούσματα του στελέχους Όμικρον, πραγματοποιείται και με εναλλακτικά πρωτόκολλα μοριακού ελέγχου (RT-PCR), που στοχεύουν στην ύπαρξη συγκεκριμένων μεταλλάξεων σε διαφορετικές περιοχές του γονιδίου S, οι οποίες είναι ειδικές για το στέλεχος Όμικρον.
Θετικά δείγματα που έχουν ελεγχθεί με τα συγκεκριμένα πρωτόκολλα μοριακής διάγνωσης και χαρακτηρίζονται από αδυναμία ενίσχυσης του γονιδίου S, εγείρουν ισχυρή υποψία ότι πρόκειται για πιθανά κρούσματα του στελέχους Όμικρον (B.1.1.529/BA.1) στην παρούσα φάση της πανδημίας.
Η αξιολόγηση του συγκεκριμένου μοριακού ευρήματος κατά τον μοριακό έλεγχο (αδυναμία ενίσχυσης του γονιδίου S) επιτρέπει μια προκαταρκτική εκτίμηση σε πραγματικό χρόνο της επίπτωσης της Όμικρον (B.1.1.529/BA.1) στο σύνολο των θετικών μοριακών ελέγχων.
Η ακριβής εκτίμηση της επίπτωσης της Όμικρον μπορεί να γίνει μόνον με την αλληλούχιση του πλήρους γονιδιώματος του ιού από αντιπροσωπευτικά θετικά δείγματα (γονιδιωματική επιτήρηση).
Ακολουθεί διάγραμμα (Διάγραμμα 10) της διαχρονικής εξέλιξης των εν λόγω δειγμάτων στο σύνολο των θετικών μοριακών ελέγχων που διενεργούνται σε δείγματα, αντιπροσωπευτικά του μεγαλύτερου μέρους της Επικράτειας».
