Παρά την καθημερινή επικοινωνία και τη στενή συνεργασία τους, οι ΗΠΑ και το Ισραήλ έχουν διαφορετικές προτεραιότητες στον πόλεμο με το Ιράν, με πιθανές επιπτώσεις στην έκβαση της σύγκρουσης.
Ο πρόεδρος των ΗΠΑ, Ντόναλντ Τραμπ, και ο πρωθυπουργός του Ισραήλ, Μπενιαμίν Νετανιάχου, βρίσκονται σε συνεχή επαφή από την έναρξη του πολέμου, με τον Αμερικανό πρόεδρο να δηλώνει στο Axios ότι «συνεργάζονται εξαιρετικά». Παρ’ όλα αυτά, Αμερικανοί αξιωματούχοι επισημαίνουν ότι οι τελικοί στόχοι και η ανοχή ρίσκου των δύο χωρών μπορεί να διαφέρουν όσο η σύγκρουση, που μετρά ήδη 19 ημέρες, συνεχίζεται.
Η πιθανή απόκλιση αυτή θεωρείται καθοριστική, καθώς οποιαδήποτε ρήξη μεταξύ των συμμάχων θα μπορούσε να επηρεάσει την έκβαση της σύγκρουσης. Ο Ντόναλντ Τραμπ περιγράφεται από πολλούς Αμερικανούς αξιωματούχους ως ο πιο «επιθετικός» στο Λευκό Οίκο όσον αφορά ενδεχόμενο πόλεμο με το Ιράν, εμφανιζόμενος πιο κοντά στις μαξιμαλιστικές επιδιώξεις του Μπενιαμίν Νετανιάχου από αρκετούς συνεργάτες του. Τρεις σύμβουλοι του Αμερικανού προέδρου ανέφεραν στο Axios ότι εκτιμούν πως ο Τραμπ θα προτιμούσε τον τερματισμό των μεγάλων στρατιωτικών επιχειρήσεων νωρίτερα από τον Ισραηλινό πρωθυπουργό, ωστόσο η σχέση τους παραμένει ιδιαίτερα στενή, ενώ η κρίση στα Στενά του Ορμούζ καθιστά απίθανη την άμεση αποχώρηση των ΗΠΑ.
Σε επιχειρησιακό επίπεδο, οι στρατιωτικές και μυστικές υπηρεσίες ΗΠΑ και Ισραήλ κινούνται συντονισμένα, αν και οι στόχοι τους διαφέρουν. Οι Ηνωμένες Πολιτείες επικεντρώνονται κυρίως σε στρατιωτικούς στόχους, ενώ το Ισραήλ προχωρά και σε στοχευμένες δολοφονίες υψηλόβαθμων προσωπικοτήτων, με στόχο ακόμη και αλλαγή καθεστώτος στο Ιράν. Αμερικανοί αξιωματούχοι σημειώνουν ότι ο Τραμπ θεωρεί την αλλαγή καθεστώτος «επιπλέον όφελος», αλλά σκοπεύει να τερματίσει τον πόλεμο όταν επιτευχθούν οι βασικοί στρατιωτικοί στόχοι των ΗΠΑ, όπως η καταστροφή του ιρανικού πυραυλικού και πυρηνικού προγράμματος, του ναυτικού και της χρηματοδότησης των παραστρατιωτικών συμμάχων της Τεχεράνης.
Ένα χαρακτηριστικό παράδειγμα της διαφορετικής προσέγγισης ήταν το αρχικό πλήγμα, όπου το Ισραήλ στόχευσε την ηγεσία του Ιράν, ενώ οι ΗΠΑ επικεντρώθηκαν σε πυραύλους και drones που απειλούσαν τις αμερικανικές βάσεις. Από τότε, το Ισραήλ συνεχίζει ευρύτερες επιχειρήσεις, με τη Μοσάντ να έχει επιχειρήσει ακόμα και να υποκινήσει χερσαία εισβολή από το βόρειο Ιράκ μέσω Ιρανών Κούρδων, χωρίς ωστόσο επιτυχία.
Η μοναδική ένταση μεταξύ των δύο συμμάχων εντοπίστηκε όταν το Ισραήλ βομβάρδισε δεξαμενές αποθήκευσης πετρελαίου στο Ιράν, με τις ΗΠΑ να θεωρούν προτεραιότητα τη σταθεροποίηση της παγκόσμιας αγοράς πετρελαίου και να ζητούν από το Τελ Αβίβ να μην επαναλάβει τέτοιες επιθέσεις χωρίς «πράσινο φως». Αξιωματούχος τόνισε: «Το Ισραήλ δεν ενοχλείται από το χάος. Εμείς ναι. Θέλουμε σταθερότητα. Ο Νετανιάχου όχι τόσο».
Παρά τα παρασκηνιακά ευθυγραμμισμένα βήματα των δύο ηγετών, η παραίτηση του επικεφαλής του Εθνικού Κέντρου Αντιτρομοκρατίας, Τζο Κεντ, έθεσε ζήτημα πολιτικής πίεσης για τις ΗΠΑ, καθώς συνδέθηκε με την αντίληψη ότι η κυβέρνηση Τραμπ κινείται υπό τις επιθυμίες του Ισραήλ. Ο ίδιος ο Τραμπ παραδέχθηκε ότι οι στόχοι των δύο χωρών μπορεί να διαφέρουν, λέγοντας: «εκείνοι βρίσκονται εκεί και εμείς πολύ μακριά». Ευρωπαίοι αξιωματούχοι επιβεβαίωσαν ότι υπάρχουν διαφορές μεταξύ των στόχων ΗΠΑ και Ισραήλ, με τον Αμερικανό υπουργό Άμυνας, Πιτ Χέγκσεθ, να δηλώνει ότι «οι στόχοι μας είναι δικοί μας. Εμείς θα ορίσουμε τον ρυθμό για το πότε θα επιτευχθούν».