Στις 18 Σεπτεμβρίου του 2013, ο Πάυλος Φύσσας πέφτει νεκρός από μαχαιριά του Γιώργου Ρουπακιά, μέλους της Χρυσής Αυγής.
Η δολοφονία του αποδόθηκε σε πολιτικά κίνητρα και έγινε αφορμή για περαιτέρω έρευνες για ποινικά αδικήματα και την ύπαρξη εγκληματικής οργάνωσης στην οποία εμπλέκονται μέλη και ηγετικά στελέχη του κόμματος. Την επόμενη της δολοφονίας, διοργανώθηκαν μεγάλες αντιφασιστικές διαδηλώσεις συμπαράστασης.
Ωστόσο, εκείνη την περίοδο ο ΣΚΑΪ έλεγε ότι «τον σκότωσαν για το ποδόσφαιρο»…